Juan de Juni pidió enterrarse en la iglesia del convento de Santa Catalina bajo el Cristo Crucificado, obra suya, que actualmente está expuesto al culto en la iglesia de San Pablo. «(..) mi cuerpo sea sepultado en el monasterio de santa catalina de sena desta villa junto a la sepoltura de mi muger e hijos que es nuestra propia en la misma sepoltura abiendo en ella lugar (...)», reza en el testamento del 8 de abril de 1577.  Y en el propio convento se apunta que existe un libro de inscripciones de las lápidas que se conservan en el pavimento de la iglesia, debajo del entarimado en el cual, entre otros, menciona como enterrados a varios familiares de Juni y a él mismo fallecido en abril de 1577.

Ahora, ante la venta del convento al Ayuntamiento y la posible desacralización de la iglesia del mismo, la Cofradía de las Angustias se ha dirigido al equipo de Gobierno para trasladar sus restos a la iglesia de las Angustias, donde se encuentra otra de sus obras más conocidas: la Virgen de las Angustias. «Juan de Juni quería estar enterrando en un espacio religioso y consideramos que la iglesia de las Angustias es una buena opción porque aquí está su virgen más representativa», explica el secretario de la Cofradía, Alejandro Carrión. Una petición que, de momento, no ha tenido contestación municipal.

Este debate ya se planteó en 2013 cuando la entonces concejala de Cultura, Mercedes Cantalapiedra, planteó el traslado de estos restos al panteón de nombres ilustres de la capital. Aunque esta exhumación puede ser compleja porque según apuntan desde la Cofradía de las Angustias habría que realizar una identificación de los restos del escultor, que estarían enterrados juntos a los de dos de sus esposas y una hija.