La depuración en los pequeños municipios lleva siendo el caballo de batalla de las administraciones durante los últimos años. Aunque se ha intentado en numerosas ocasiones en la última década, los logros conseguidos en los últimos años han sido escasos para los pueblos más pequeños. En la mayor parte de los casos, estos ayuntamientos no cuentan con ningún tipo de depuración o disponen de sistemas que se han deteriorado por falta de mantenimiento. Así, estos municipios pagan un canon de depuración, que puede rondar entre los 6.000 y los 8.000 euros anuales, para verter sus aguas residuales a los ríos y arroyos próximos a sus términos municipales.   

En la actualidad, en la provincia hay 158 municipios que vierten de forma inadecuada a cauces y terrenos, según los datos proporcionados por la Confederación Hidrográfica del Duero (CHD). En concreto, el 11 por ciento de la población equivalente (se contabilizan también explotaciones ganaderas y agrarias) de Valladolid aún no cuenta con un sistema de depuración, lo que supone más de 86.000 personas. 

Así, el porcentaje de población (en habitantes equivalentes) que dispone de tratamiento adecuado es del 89 por ciento, correspondiéndose con el 93,5 por ciento del volumen anual vertido en la provincia. Mientras, el 6,5% del volumen restante (4,3 millones de metros cúbicos), o bien no dispone de tratamiento de depuración o el tratamiento existente se considera no adecuado. Este 6,5% de volumen de vertido sin tratamiento de depuración adecuado se origina, en su mayor parte, en pequeñas poblaciones cuyos sistemas de tratamiento están siendo mejorados progresivamente.

Fuentes de la CHD destacaron que se está trabajando en este aspecto y que se proyecta «un impulso a través de los fondos de recuperación» en coordinación con la Junta». Hay que tener en cuenta que el Protocolo suscrito en diciembre del 2010 entre el Ministerio de Medio Ambiente y la Junta, reflejaba que todos los municipios debían depurar de forma correcta sus aguas antes de 2016. Algo que no se cumple. Cuando pasan cuatro años desde que fuera de obligado cumplimiento, hay casi 160 pueblos que no continúa sin depurar sus aguas.