Parte de las joyas que se guardaban entre los muros de desaparecido convento de San Francisco siguen en Valladolid, concretamente en el Museo Nacional de Escultura. El propio centro detalla en sus redes sociales el catálogo de obras que guarda y ofrece información sobre cómo era el emblemático edificio desaparecido durante la desamortización de Mendizábal. 

Así, el museo abre sus puertas virtuales, las físicas todavía tardarán unos días en abrirse, para descubrir una parte de las obras que decoraban la capilla de Maravillas, una de las tantas con las que contaba el desaparecido convento franciscano, y cuyos restos han quedado al descubierto en las excavaciones arqueológicas para recuperar los restos del líder irlandés Red Hugh O'Donell.  

En el paseo virtual, el Museo de Escultura muestra curiosa «caja» de madera de nogal procedente posiblemente de Amberes, muestra de la alta valoración que las obras de importación flamenca alcanzó en Castilla.

En el recorrido artístico de Flandes a Castilla, pasando por Borgoña, que se puede realizar gracias al catálogo de obras procedentes del convento que se conservan en el museo, destacan dos producciones —un san Antonio de Padua con el niño y el Santo Entierro— que resumen la fuerza, el movimiento y la torsión tan propias del escultor Juan de Juni, como se apunta desde el centro.

En el centro también se puede conocer un curioso relieve del retablo dispuesto en la capilla de enterramiento del doctor Fernando Arias, que narra el más popular milagro de los santos Cosme y Damián, patronos de la Medicina.

En la lista también figuran obras del coro, ambas del escultor Pedro de Sierra. Una de ellas estaba ubicada en su frontispicio y representa una delicada Inmaculada Concepción, misterio en cuya defensa se significaron los franciscanos.

Desde el Museo también se explica que la sillería del convento  ingresó en 1842 en el centro, que entonces ubicado en el palacio de Santa Cruz. En 1933 se trasladó al coro alto de la capilla del Colegio de San Gregorio.