García de Wattenberg realizó una profunda reestructuración museográfica e incorporó al museo la iglesia de La Pasión como sede de exposiciones permanentes. En 1973 se hizo cargo de la asignatura de Museología en el departamento de Historia del Arte de la UVa y en 1977, tras la creación del Cuerpo de Conservadores de Museos, fue confirmada como directora del Museo.